Habsburk = katolík. Tato prostá rovnice mohla by být přidána do rodového erbu. Bylo naprosto nemyslitelné, aby člen rodu inklinoval k jiné víře než katolické. Maxmilián II. je právem považován za náboženskou „černou ovci“ rodu. Vyrostl v době, kterou významně poznamenal duch reformace.
Maxmilián se narodil roku 1527 a dětství prožil v rodinném kruhu. Jeho otec Ferdinand rozdělil zemi mezi všechny tři syny. Mladší bratr Ferdinand dostal Tyrolsko, Karel Korutany, Štýrsko Kraňsko. Samotný Maxmilián českou a uherskou korunu, Dolní Rakousy a předurčení stát se císařem.
Dostalo se mu skvělého vzdělání. Sám ovládal sedm řečí. S protestantismem byl ve styku už od dětství. Roku 1538 byl vyhnán jeho vychovatel luterán Wolfgang Schiefer. V sedmnácti letech odchází na zkušenou k strýci Karlovi. Během šmalkaldské války je pověřen velením jezdeckého pluku, své povinnosti si ale neplnil na jedničku, jak si to představoval otec Ferdinand. V korespondenci mu vyčítal přílišné pití alkoholu a pletky s ženami. Co ale otce pálilo více bylo Maxmiliánovo vlastnictví luterské bible a nelichotivé vyjadřování o papeži.
Na výběru manželky si dal Maxmiliánův otec velmi záležet. Z jedné strany potřeboval upevnit vazby mezi španělskými a rakouskými Habsburky, ale z té druhé chtěl pro svého syna takovou manželku, která byla dobrou a oddanou katoličkou. Volba proto padla na sestřenici Marii, dceru Karla V. a Isabely Portugalské. Po svatbě se stal Maxmilián regentem ve Španělsku. Byl pod přísným dohledem španělských katolických kněží, což mu ostatně nebylo příliš po chuti. Mnohokrát prosil otce o návrat, k němuž ale došlo až roku 1551. Ze Španělska si toho Maxmilián příliš dobrého nepřinesl. Získal nechuť ke všemu španělskému a v oblibě neměl strýce Karla a bratrance Filipa.
Ferdinand se domníval, že pobyt ve Španělsku přivede Maxmiliána k té „pravé víře“. Naopak se synova nechuť ke katolicismu ještě prohloubila. Maxmilián do Vídně povolal jako svého osobního kazatele luterána Pfausera. Zoufalý Ferdinand musel skousávat Maxmiliánovy negativní postoje k jezuitům a církevním prelátům. Aby toho nebylo málo, odmítl se účastnit mší, procesí a zpovídat se. I česká Jednota bratrská v čele s Janem Blahoslavem upínala své naděje k Maxmiliánovi. Negativní ohlasy se začaly čím dál více kupit, ze Španěl a Říma přicházela ultimáta a varování.
Časem si samotný Maxmilián uvědomil, že v boji pro přijetí augsburské konfese ho nepodpoří ani protestantská knížata starající se jen o vlastní zájmy. Pragmaticky se rozhodl, že nepřipustí roztržku s papežem a de facto i celým křesťanským světem. Pro rakouské Habsburky byla také důležitá finanční podpora poskytnutá španělskými členy rodiny, o kterou by v případě přihlášení se k protestantismu přišel.
Maxmilián proto ustoupil, usmířil se s papežem a otcem. Požádal pouze o přijímání kalicha, což mu bylo umožněno, ale jen v soukromí. V únoru 1562 slavnostně přísahal před otcem Ferdinandem věrnost katolické církvi. O pár dní později byl korunován římským králem, což ho v budoucnu dovedlo i k císařské koruně. Roku 1562 pak přijal svatováclavskou korunu a o rok později i svatoštěpánskou.
Ferdinand I. tak roku 1564 umíral s pocitem zadostiučinění, že přivedl syna na správnou cestu. Situace se uklidnila, ale Maxmiliánova nechuť k papežovi a Filipovi se nezměnila. Ti se naopak občas vraceli k otázkám pochybujícím o Maxmiliánově věrnosti katolické víře.
Může se zdát, že byl Maxmilián luteránem tělem i duší, ale nebylo tomu tak. Sám o sobě často říkával, že je křesťanem. Byl striktně proti bojovnému katolicismu. Oproti tomu také nehodlal přijímat všechny protestantské požadavky. Neuznával sekty jako kalvinisty, české bratry či radikální luterány.
Roku 1571 vydává tzv. náboženskou asekuraci, proti které ostře vystupoval jak Filip II., tak i papež Pius V. Tato listina dovolovala pánům a rytířům na svých územích vyznávat augsburskou konfesi. Maxmilián oponoval tím, že toto opatření zavedl jen v krajní nouzi pod tlakem, což však nebyla pravda. Měl v plánu shromáždit vojsko proti Turkům a tímto se chtěl pánům zavděčit, aby se ho rozhodli finančně podpořit.
Čeští teologové roku 1575 sepisují tzv. českou konfesi, která vycházela z té augsburské, ale kladla důraz i na českou reformační tradici. Češi žádali o písemné uznání této listiny, dočkali se však pouze ústní formy, jelikož Maxmilián nechtěl svým podpisem ještě více podráždit Filipa a papeže.
Turecké nebezpečí se Maxmilián prvně snažil vyřešit tím, že se snažil Turky uchlácholit zlatem, ale toto opatření neslavilo úspěch. Svou iniciativou dokázal sestavit největší armádu, která kdy byla proti Turkům schopna vytáhnout. Mohlo se zdát, že budou Turci poraženi a zatlačeni nazpět, ale nečinnost armády a neschopné velení zapříčinilo, že Turci ovládli ještě větší území na Balkáně, než před vypuknutím této války. Konflikt byl ukončen Maxmiliánovým závazkem, že bude platit ročně 30 000 dukátů jako výkupné za příměří.
V pozdějším věku se dvakrát pokoušel získat Polskou korunu, ale polští předáci si vždy zvolili přijatelnějšího kandidáta. Na říšském sněmu několikrát jednal, že by korunu získal silou, ale nakonec tuto myšlenku zavrhl i díky zhoršujícímu se zdravotnímu stavu.
Ve chvíli, kdy Maxmilián ležel na smrtelné posteli, naléhala na něj jeho žena, sestra, papežský nuncius a španělský vyslanec, aby přijal svátost umírajících. Svého kazatele ale odbyl slovy: „Můj kazatel je v nebi.“ A tak umírá netypický Habsburk, jenž musel žít a vládnout jako katolík, ačkoliv myslel jako protestant. Španělský velvyslanec Maxmiliánův život shrnul těmito slovy: „Nešťastník, zemřel tak, jak žil,“ čímž bylo myšleno jako kacíř.
