Nesmysly kolem PCR

Původně jsem chtěl napsat úvahu o očkování,ale tu až příště. Nějakých 20 roků vyvíjíme PCR systému a metody a tak jsem napsal úvahu na téma PCR a nesmyslech, které se o této metodě pouští do světa. PCR je polymerázová řetězová reakce, jejíž princip na začátku 80 let minulého století vymyslel Kary Mullis. On vlastně toho moc nevymyslel, poskládal známé kroky. To není shazování zasluh Dr. Mullise, ale jeho vlastní slova. Za toto "poskládání" a extrakci enzymu který vydrží teplotu přes 90 C dostal Kary Mullis zcela po zásluze Nobelovu cenu za chemii.Jedná se o jeden z největších objevů minulého století. No a co je to PCR? Roztok, který může a nemusí obsahovat DNA, které se hledá, dále obsahuje koktejl položek, kterými se tady nebudu zabývat. Je to dohledatelné na google. Jediná část, která je klíčová, jsou takzvané primery. Jedná se o sekvenci DNA s délkou kolem 20 bází komplementární k začátku a konci sekvence DNA, kterou hledáme.  Roztok se pak ohřeje na teplotu tání DNA, kdy se rozpadne jedna molekula DNA s dvojitou šroubovicí (dsDNA) na dve molekuly DNA s jednoduchou šroubovicí (ssDNA). Teploty tání všech DNA jsou 90 C nebo méně, takže se používá univerzálně teplota 93 nebo 95 stupňů Celsia. Pak se roztok ochladí na teplotu “annealing”, což je kolem 55 stupňů celsia. Dojde k "nasednutí" primerů na jejich správná místa v molekulách ssDNA. Posledním krokem je "elongation" při teplotě 72 stupňů celsia. Enzym polymeráza kokončí sekvence DNA a z jedné molekuly původní dsDNA mít dvě. A to se opakuje 40x, takže teoreticky máte 2^40 molekul z každé původní. Naprosto klíčové je následující. Pokud původní počet molekul DNA byl nulový, máte i nulový počet kopií DNA na konci. U stanovování COVIDu je to poněkud složitější, virus neobsahuje DNA, ale RNA, takže se nejprve provede RT, tedy reverzní transkripce, kdy se při teplotě 61 stupňů celsia převede RNA na complementary DNA (cDNA)a počet jejich molekul se vynásobí PCR metodou. Takže to skloňováné PCR je ve skutečnosti RT-PCR.  Takže fáma číslo 1: Pokud máte v RT-PCR dost cyklů (nastavíte nízký limit), RNA tam vždy najdete.PCR vám NEDÁ pozitivní výsledek, pokud tam hledané DNA není. Tedy RT-PCR vám nedá pozitivní výsledek, pokud ve vzorku nebylo hledané RNA. Může se ale stát, že je vzorek kontaminován jiným, laboratoř celá kontaminovaná atd. Na to se má dělat NTC, tedy negative control template. Místo vzorku se přidá voda a pokud v je tento test pozitivní, výsledky ostatní testyů by se měly opakovat. ostatní testu  Fáma číslo 2: Pozitivní výsledek  RT-PCR  nic neznamená:To je take hloupost. Pozitivní výsledek  RT-PCR totiž znamená že testovaný jedinec měl v sobě v době testu RNA SARS-CoV-2. Nemusí to sice znamenat, že v té době byl jedinec nakažlivý, ale stejně tak to neznamená, že nakažlivý nebyl. Co je ale na 100% jisté, že jedinec se setkal s virem SARS-CoV-2 a buď byl, nebo ještě je nakažlivý. Rozhodně je nevhodné to brát na lehkou váhu a je potřeba další vyšetření.  Koho zajímají detaily, na internetu jsou toho tuny, stejně jako v učebnicích molekulární biologie.