Beagle byla loď královského námořnictva, jejímž nejznámějším pasažérem byl anglický přírodovědec Charles Darwin, který na lodi prožil téměř pět let. Během své cesty kolem světa studoval geologické jevy, fosilie a živé organismy.
I přesto, že byl Darwin již od dětství posedlý brouky a volnou přírodou, nechal jej otec v 16 letech zapsat na studium medicíny. Charles se na studiích trápil. Po své první návštěvě pitevny přestal chodit na přednášky. Veškerý svůj čas věnoval studiu rostlin a zvířat. Začal pracovat v terénu a studovat mořskou biologii a geologii. Navštěvoval klub, ve kterém se diskutovalo o vědeckých teoriích. Konečně dělal to, co jej od dětství zajímalo.
Ovšem jeho otec, který mu zaplatil studium medicíny, nebyl zrovna nadšený, že vyměnil medicínu za biologii. Donutil jej přestoupit na Cambridge a zapsat se na studium teologie. Darwinůn otec však netušil, že na Cambridge působilo mnoho amatérských pastorů-přírodovědců, pro něž byla věda a výzkum náplní jejich života a zároveň součástí teologie. Darwin se s jejich názory ihned ztotožnil a pustil se s vervou do studia. Konečně se našel. Nakonec prospěl s vynikajícím prospěchem. Byl desátým nejlepším absolventem. Po studiích jej čekalo místo na venkovské faře. Milované vědě by se věnoval ve svém volném čase.
To vše však překazil dopis od profesora botaniky, který mu nabízel jedinečnou příležitost, a to dvouletou službu na palubě průzkumné lodi jménem Beagle, která měla za úkol mapovat a prozkoumávat Jižní Ameriku, s cílem vytvořit přesnou námořní mapu.
Její kapitán, Rober FitzRoy, už na několika takových výpravách byl a vždy velmi litoval, že s sebou neměli vědce, který by všechna ta rozmanitá místa, která navštívili prozkoumal. V té době však bylo profesionálních vědců velmi málo. Kapitán FitzRoy marně nabízel místo na palubě známým přírodovědcům, kteří nechtěli opustit rodinu, kariéru a strávit tři roky v nepohodlí na přecpané lodi.
Nakonec se rozhodl oslovit i amatérské přírodovědce, kteří byli dobrými pozorovateli a zároveň zvládli napsat detailní líčení toho, co během dne viděli. Nadšený Darwin, absolvent teologie, přírodovědec-amatér, který neměl žádné závazky, ve svých pouhých 22 letech, byl ideálním kandidátem.
O čtyři týdny později vypluli. Psal se rok 1820. Beagle měla plout přes Atlantic a prozkoumat Jižní Ameriku a poté obeplout celou Zemi. I přesto, že Darwin během plavby trpěl mořskou nemocí, veškerý volný čas věnoval psaní deníků, do kterých zaznamenával podrobnosti o svých exkurzích spolu s terénními poznámkami o geologii a přírodní historii. Zapisoval vše, co během cest viděl a rozvíjel své vlastní vědecké teorie.
Zatímco lodní důstojníci sestavovali námořní mapy. Darwin strávil většinu tohoto času zkoumáním souše (tři roky a tři měsíce na souši; 18 měsíců na moři). Zkoumal mořské živočichy, savce, hmyz, plazy a ptáky. Po celý čas žasnul nad nekonečnou biologickou rozmanitostí Amazonie, kterou osobně popsal jako „směsici potěšení“. Během túry v Andách zažil sopečnou erupci a objevil zkamenělé mušle daleko od pobřeží, což potvrdilo, že geologické síly mohou měnit krajinu.
Nebyl to vždycky snadná plavba. Darwin nebyl svědkem jen zázraků, ale spatřil i hrůzu. Hrůzu otroctví. Darwin a jeho rodina byli zapřísáhlými odpůrci zotročování lidí, usilovali o zrušení otroctví a obchodu s otroky. V Británii bylo otroctví nezákonné, ale v britských koloniích přetrvávalo, stejně jako v Jižní Americe. Během plavby se tak setkal s útiskem a násilím. Viděl jak v Brazílii bijí zotročené děti. Viděl následky vzpoury otroků. Míjel jejich mrtvá těla. Slyšel výhrůžky plantážníků. ...“člověku se z toho vaří krev,“ napsal „ale srdce se chvěje.“
Během své cesty se setkal i z řadou domorodců. Beagle na své cestě učinila zastávku v Tierra del Fuego v Jižní Americe, aby navrátili tři domorodce z prvního průzkumu Jižní Ameriky. Poté, co se Darwin setkal s místními domorodci, zaznamenal si, že šlo o nejhorší a nejbídnější bytosti, jaké kdy viděl. Píše, že „Při pohledu na takové lidi lze jen stěží uvěřit, že jsou také tvory Božími a obyvateli téhož světa.“ Usoudil, že „v této nejzazší části Jižní Ameriky člověk existuje na nižším stupni dokonalosti, než v kterékoliv jiné části světa.“ Toto pozorování se stalo základem pro Darwinovo uvažování o původu člověka.
Na Galapágách, které jsou domovem mnoha jedinečných druhů, začal hledat důkazy o tom, jak se tam život usídlil. Když zaslechl, že lze určit z jakého ostrova želva pochází podle jejího krunýře, začal je sbírat. Jeho snahy potvrdit pravdivost tvrzení kazila ostatní posádka lodi, která si z jeho vzorků dělala polévku.
Všiml si, že pěnkavy na ostrově byly podobné pěnkavkám z pevniny, ale každá vykazovala určité vlastnosti, které jim pomohly snáze sbírat potravu v jejich specifickém prostředí. Nasbíral mnoho exemplářů pěnkav na Galapágách. Časem se z tohoto pozorování stane revoluční teorie, tehdy to byla jen zajímavost v Darwinových poznámkách. „Když vidím všechnu tu rozmanitost jedné malé, úzce spojené skupiny ptáků,“ napsal, „dalo by se říci, že z původních pár ptáků na tomto souostroví byl jeden druh upraven pro jiné účely.“ Přestože to tehdy nebral tak úplně vážně, jev, který vypozoroval, významně změnil obvyklé vědecké názory na to, jak vznikly různé druhy.
Charles Darwin při své cestě nasbíral velké množství fosílií, které, po jeho návratu, vzbudily v Anglii velký zájem. Nacházel ovšem i kostry dávných živočichů. Nejvíce jej překvapila velikost těchto pradávných tvorů. Přinutilo ho to přemýšlet o pravěku a o tom, co způsobilo vymření těch obrovských zvířat. V dopise, který poslal své sestře, napsal: „Geologie je úžasná. Potěšení ze střílení koroptví nebo radost z honu se nemůžou rovnat radosti z nalezení hromádky fosilií, které vyprávějí svůj příběh téměř živým jazykem.“
Po pěti letech sbírání a studování přírody byl čas vrátit se domů. Po cestě Darwin uspořádal svých 5 436 vzorků, 770 stran v deníku a tisíce stránek s poznámkami. Během toho začal mít tušení o revolučním konceptu, k němuž jeho pozorování a teorie směřovaly. „Pokud pro tyto postřehy existují sebemenší podklady,“ napsal, „zoologie souostroví bude hodna prozkoumání, jelikož tato fakta podkopávají stabilitu druhů.“
V říjnu roku 1836 Beagle připlula do Cornwallu a Darwin nasedl na vlak domů. Když se druhý den setkal s rodinou, už nebyl ten nedostudovaný medik. Nebyl ani čerstvým absolventem kněžského semináře. Nyní byl uznávaným přírodovědcem a členem vědecké elity, to vše zásluhou jednoho dopisu a jeho odvahy využít příležitosti a vydat se na konec světa.
Darwin později na svoji cestu vzpomíná jako na „zdaleka nejdůležitější událost v mém životě, která určila celou mou kariéru“.
