V dějinách Masaryk viděl stejně jako ve filozofii především zdroj poučení pro ‚běžný‘ život. Varoval před samoúčelným hromaděním znalostí - měl k nim opačný přístup než většina tehdejších, a do značné míry i dnešních (zejména českých) pedagogů: dějiny jsou podle jeho názoru ‚jen‘ stálým rozhovorem otců s dětmi, zmizelých pokolení s pokoleními současnými a nastávajícími. „Mně nestačí ukazovat, jak mysleli a žili ti a oni, já chci mít konstatováno, jak mám žít já, jak mám myslet, jak jednat, jinak všechno to konstatování pro mne nemá smysl.“
Ve vývoji lidského světa sledoval hlavně dvě linie: postupné směřování k synkretismu (slučování nesourodých prvků) a postupný nárůst kritického myšlení.
Zajímal ho především vývoj v Evropě, k níž ovšem přičítal evropskou část Asie, na niž byla Evropa vždy napojena. Řekové se učili od Arabů, Rusové byli v nepřetržitém styku – přátelském i nepřátelském – s asijskými kmeny a státy. Míšení a sbližování v euroasijském prostoru lze doložit i společným náboženským kořenem, judaismem, na který navázalo křesťanství a islám.
Civilizační prorůstání se postupně zvětšovalo a rozšiřovalo se na celou zeměkouli. „Jednotná organizace všech národů světa, celého člověčenstva, je počátkem nové doby, doby, v níž národy a celé lidstvo budou vědomě pokračovat ve svém vývoji.“
‚Globalizace‘ se vždy účastnily malé i velké státy, malé i velké národy. Masaryk touto skutečností vysvětloval svou koncepci české „světové politiky“: i česká politika, politika malého národa, se musí aktivně účastnit na dění v celém světě. „V dějinách nic ‚se‘ nestane, nestane se samo. Já to musím udělat, já se musím rozhodnout svou vůlí a svým vědomím. Já jsem taky historie.“ Na prvním místě je pro nás přirozeně Evropa, v Masarykově době stále ještě nejvýznamnější sídlo a zdroj celosvětové civilizace. Z toho plyne její i naše odpovědnost. V Evropě by se měl dovršit proces postupné integrace a demokratizace a jako v první na světě by se v ní mělo navždy zamezit válkám. Češi se musí cítit nejen jako Češi, ale též jako Evropané a „světoobčané“. Je ovšem třeba „při světovosti uchovat své“; vyhraněnost nebo sobectví má i zde pouze negativní důsledky.
Pokud se jedná o kritické myšlení, člověk je od nepaměti „věřivý“ – má sklon pokládat to, jak vidí a vysvětluje si pozorované věci, za pravdu. Má sklon věřit svým vůdcům, ať již světským nebo duchovním. I v moderní době dokáže věřit zcela nekriticky.
Měřítkem - důležitým, byť ne jediným - stupně vývoje každé společnosti je velikost a množství mýtů, kterým podléhá. Podobně jako ve filozofii, mnohé mýty bývají po svém vyvrácení nahrazovány novými, přesto však lze v průběhu dějin vysledovat jejich – byť pomalé a značně kolísající - ubývání.
Podobně ubývá i zla. Zlo je s mýtem spojeno, protože co je nepravdivé, nemůže být dobrem. Zlo se stejně jako mýtus ztrácí a znovu vynořuje, vždy v novém hávu, avšak ubývá přinejmenším přímého násilí, jak bylo rozšířeno v minulosti.
(Pokud se jedná o dvě teorie, které v Masarykově době hýbaly světem, o Marxův historický materialismus a o Darwinovu vývojovou teorii, i zde si Masaryk vypracoval krystalický názor.
Marx příliš vyzdvihl úlohu ekonomických vztahů, třídního boje jako v podstatě boje dvou vrstev, dělnické a buržoazní, jako by nebyly rozrůzněné a nebyl mezi nimi most tvořený střední třídou. Jeho učení nepřihlédlo dostatečně k psychologickým a sociálně psychologickým faktorům. Tezi, že vývoj spěje k diktatuře proletariátu a že diktatura proletariátu bude přechodnou fází k beztřídní společnosti, Masaryk pokládal za mylnou a nebezpečnou. Poněkud problematický byl jeho vztah k Hegelově a Marxově dialektice. Vytýkal jí, že odvozuje společenský vývoj hlavně „podle logické šablony negace negace“ a že dialektika objektivně de facto neexistuje: „Můžeme mluvit o přitahování a odpuzování v přírodovědeckém smyslu, můžeme mluvit o lásce a nenávisti, o boji a míru v lidské společnosti ,“ ale moderní názor na svět je „podstatně nedialektický“.
Také Masarykův názor na Darwinovu teorii lze přijmou jen s rozpaky. Zde se jeho víra v Boha přece jen projevila konkrétním důsledkem: tezi o nahodilosti ve vývoji živočichů a selekční princip boje o život odmítl. Druhý důvod, proč se stavěl proti darwinismu, je ovšem pochopitelný, byť jen nepřímo: darwinismus se v průběhu 19. století promítl do společenských věd, například v podobě naturalismu a biologismu, a podpořil krajně pravicové liberalistické doktríny dovedené do absurdnosti pangermanismem a později zejména nacismem: ‚příroda je krutá, my budeme též‘.)
Popis českých dějin Masaryk převzal v hlavních obrysech od Palackého. Oproti Němcům a jiným národům nacházejícím se od nás na západ jsme byli od počátku znevýhodněni tím, že jsme nemohli přímo navázat na římskou civilizaci - vždy jsme jen více nebo méně přejímali. Se znovu obnovenou Římskou říší jsme se do těsného kontaktu dostali až za posledních Přemyslovců a trvalo to jen do husitské doby. Husitství je třeba hodnotit vysoce kladně: jen tehdy jsme byli „světoví“, jen tehdy jsme dali světu něco skutečně nového a významného, neboť reformace jako masové hnutí začala u nás. Náš nový vzestup začal až v obrozenecké době.
(Masarykův ‚protestantský‘ výklad českých dějin byl opakovaně napadán, nejvážněji historikem Josefem Pekařem - katolíkem, který poukazoval na destruktivní stránky husitství, na kulturní obohacení Čech barokem a na osvětovou a obrozeneckou činnost katolíků, včetně jezuitů. Začal se tím spor ‚o smysl českých dějin‘, pro svou složitost a nové návaznosti pokračující dodnes. Masaryk argumentoval spíše ze zobecňujícího filozofického hlediska a vycházel z toho, že protestantství je katolicismu vývojově nadřazeno. Poukazoval na to, jak málo baroko přineslo většině českých, v té době již vesměs utlačovaných ‚rabů‘, a jak je zaplavilo dříve nepřijatelnými mýty a rituály. Během řady polemik se jejich stanoviska částečně sblížila; Masaryk ustoupil od některých formulací a od zdůrazňování návaznosti obrozenectví na husitskou tradici, Pekař zase připustil, že ‚hrdinný husitský zápas Čechů zůstane největší slávou českých dějin.‘)
Z našeho plebejství pramení psychická nevyrovnanost, sklon k rovnostářství a k závisti, neúcta k autoritám a tendence k obcházení předpisů a zákonů. Masaryk z toho dovodil, že jsme jednak ‚zralí‘ pro demokracii, jednak a hlavně, že ji nutně potřebujeme.
