Chůvo moje milá, náboženství! Chtějí tomu, abys stárlo; ale ‚Nezešedivíš!‘ pravil Pán, pravil, až mi srdce plápolalo! Mlado budeš, ať si slunce zpráchniví, po něm poplyneš co panna, červeňoučké líčko nezahalíš; a když obklopí mne bláznů sbor: čelo tvoje skvoucí utvoří mi ticho.
Těmito slovy devatenáctiletého Havlíčka započíná velmi případně Zelený vydání jeho spisů. Havlíček po celý život stál v boji proti klerikalismu a hierarchické církevní správě a to je důkaz, že náboženství mu nebylo lhostejné. V článku Proč jsem občanem praví o náboženství a státu toto:
„Nic na světě není tak obyčejné jako to, čemu říkáme: nevidět pro oči, totiž že člověk si obyčejně nevšímá toho v čem je a nepozoruje nic z toho, co se kolem něho ustavičně plete. Kdosi nazval člověka velice trefně zvířetem zvykovým, čímž se vyjadřuje, že si člověk časem všemu zvykne a nic nemyslí, tak jako by ty věci musely se zrovna tak dít a jako by se ani jinak dít nemohly.
Proč vlastně bylo křesťanské náboženství zřízeno: aby se totiž mezi lidmi množila láska a poctivost, aby jeden druhého podporoval, aby si člověk toho, čím je povýšen nad zvíře, náležitě vážil – na to se již nyní málokdo pamatuje, jakož se také skoro vždy zapomíná na tu okolnost, že náboženství není na světě, jako by toho potřeboval Bůh, nýbrž proto, že toho potřebují lidé, zkrátka že je a má být ku prospěchu lidstva a ne pro Boha. Je na světě starý a velmi nebezpečný blud vedoucí k tomu, že člověk i kdyby byl nejhanebnější, jen když se modlí a obětuje svíčičky, sám se sebou je spokojen, a tento blud vyšel z nešťastného obyčeje říkat a učit, že Bůh stvořil lidi proto, aby jej ctili.
Zrovna tak jako s náboženskými záležitostmi to stojí v tomto ohledu i se záležitostmi občanskými. Lidé si skrze tolik století zvykli šlapat stejným krokem v tom jhu, které jim bylo od chytřejších ale zlomyslných tvorů pod rozličnými záminkami vloženo na bedra, také s božím udatným plnomocenstvím, které nyní nazýváme státní zřízení. Člověk zvyklý tázat se při všem proč? a nač? (bohužel je posud takových mezi námi jen malá část), neví, má-li se horšit nebo smát, když pozoruje státní zřízení národů počítaných k civilizovaným.
Kdo jednou postavil na svou korouhev za heslo svobodu a právo, kdo se dal do boje proti všeliké libovolnosti, proti všelikému utiskování, ten snad nesmí svobodu a právo chtít jenom v jistých věcech a v jiných dopouštět libovůli a utiskování, neboť jedna nepravda ze sebe rodí tisíce jiných a jedna libovůle zruší na tisíce práv.“
Havlíček, chtěje se napřed stát knězem, opustil duchovní dráhu, po velkých duševních bojích, neboť „nevíra, kat můj a ukrutník, zvítězila“. Voltaire zvítězil nad teologií, nikoli ovšem nad náboženstvím. Havlíček se nakonec ustálil na tomto krédě: Víra, naděje a láska.
„Věřím v Krista, syna člověka /tedy ne Boha/, učitele našeho, jenž se počal z Marie /tedy ne Panny/, trpěl pod Pontským Pilátem, ukřižován umřel. Věřím, že jen z nouze a pro židovskou hloupost se jmenoval božím synem, ale že sedí na pravici boží, věřím. Věřím v svatá obcování, ve věčný život.
Nedoufám v nic, neboť nic z toho, v co doufá Římská církev, nepotřebuji, a byť bych potřeboval, dosáhnout toho nemohu. Hříchy mi Bůh odpustit nemůže, a kdo by si to myslel, si ovšem ulevuje, ale božstvu i lidstvu se rouhá. Ani zatratit ani odměnit mne Bůh nemůže a nechce.
Miluji, ale co, nevím, za zásluhu si to nepokládaje, neboť láska se mnou srostla jako květ se stromem. Ale Boha nemiluji, neboť ho mohu jen cítit, ale ne milovat. Nemiluji též veškeré lidstvo, neboť mnozí lásku nezasluhují. Nepřátele milovat nemohu, neboť ani Ježíš je nemiloval, ačkoli tak praví, neboť je jiná věc někoho milovat a opět jiná, mít ho v dobré péči. Láska se neplatí po penízkách, a kdo praví, že celý svět miluje, ten ani lásku nezná a mluví pošetile.“
Náboženství je Havlíčkovi „nejvznešenější dědictví člověka“ a je mu názorem, jejž si dělá každý člověk: „To, kterak každý člověk opravdu a upřímně smýšlí o původu účelu světa a o svých povinnostech, to je jeho náboženství.“ Již z toho vyplývá, že se nikdo nemá k nějakému smýšlení nutit – smýšlení se právě vynutit a vnutit ani nedá. „Neboť smýšlení je nejsvětější, nejsvobodnější dědictví každého člověka, které se mu žádnou mocí odejmout nemůže.“
Jak Palacký, tak i Havlíček pokládá Kristovo náboženství a učení za nejdokonalejší. Ale „pravé neštěstí tohoto světa je, že se z každého náboženství poznenáhlu udělá také řemeslo a výživa. I původně čisté křesťanství se tak zkazilo; z pouhé kněžské důstojnosti se stal zvláštní stav, který byl postupem času, obzvláště od papežů vynucovaným bezženstvím, organizován ve stav a moc pořád víc a více světskou.“
Proti těmto papežským řádům čelila Husova reformace a Havlíček se proto podle jejího vzoru domáhal církevní reformy. Doufal, že by se takto i sjednotili čeští katolíci a evangelíci.
