Babiš absolvoval gymnázium College Rousseau. Po návratu vystudoval VŠE v Bratislavě. Počátkem 80. let nastoupil do podniku zahraničního obchodu Petrimex, který byl monopolním dovozcem ropných a chemických produktů do bývalé Slovenské socialistické republiky. Z referentské pozice postoupil v roce 1985 na funkci zástupce podniku v Maroku. Zde zastupoval v roce 1990 již 12 slovenských firem. Od počátku působení v Maroku pracoval pod kontrolou sovětské KGB, která usilovala v severní Africe o větší vlivovou agenturu. Toto vše probíhalo pod krytím Správy kontrarozvědky Bratislava, kde byl Babiš nejprve získán k operativní spolupráci jako tajný spolupracovník, později jako agent pod krycím jménem „BUREŠ“ a spisovou značkou 25085. Po návratu do ČSSR v roce 1990 se stal Babiš zástupcem ředitele PZO PETRIMEX a v roce 1993 členem jejího představenstva. Současně zastával funkci ředitele 32. obchodní skupiny. V roce 1994 Babiš opustil Slovensko a přestěhoval se do ČR. K tomu Babiš veřejně deklaroval, že se stěhuje „prakticky bez peněz“. V ČR z pověření společnosti PETRIMEX založil společnost AGROFERT a.s. Původně se jednalo o společnost s ručením omezeným, která byla po dohodě Babiše a Rakického zapsána do českého obchodního rejstříku bezprostředně po rozpadu federálního Československa. V roce 1995 vstoupila O.F.I. Ost Finanz und Investment AG( záhadná společnost založena ve Švýcarsku ) do AGROFERTU a navýšila základní jmění. Valná hormada, která o tom rozhodla nebyla složená z osob oprávěných rozhodovat ve valné hromadě. PETRIMEX se ze zdánlivě nepochopitelných důvodů tohoto navyšování nezúčastnil a ztratil v AGROFERTU, do jehož rozjezdu investoval stovky milionů Kč majoritní podíl. Vedl s Babišem soud, který Petrimex nepochopitelně prohrál, nevyužil možnost odvolání a AGROFERTU předal mu většinu své obchodní klientely. Tuto strategii nepřátelského převzetí pak Babiš v budoucnu několikrát opakoval.

Tak poslyš: Mně také vadí Bureš. Ale ještě víc mně vadí ti, co se stydí za svůj národ a kteří s oblibou na něj kydají kal a špínu. Myslí si, že tím stanou blíž panské rase, které se tím snaží vlichotit, aby jim mohli olíznout boty. Měl by ses stydět.